經文：馬太福音十三章31-32節；馬可福音四章30-32節；路加福音十三章18-19節

主耶穌在海邊講得第三個比喻，就是「芥菜種的比喻」。這個比喻與第四個：「麵酵的比喻」，從其異同之處看來，剛好成為一組的比喻；即均表明「天國——神的教會」的內外興盛的情形。就其類同點說，就是：教會雖從小開始，卻要進到興盛，正如但以理書上所說的：『有一塊非人手鑿出來的石頭，……變成一座大山，充滿天下。』（但以理書二章34-35節）。就其相異處看：「芥菜種」表示外在有形的擴張；「麵酵」表示內在興盛。

依第一個與第二個比喻有主親口的模範解釋，就可以明白一切比喻的意義了；所以在此就不必再留下祂自己的解明。「芥菜種的比喻」之內容如下：『天國好像一粒芥菜種，有人拿去種在田裏。這原是百種裏最小的，等到長起來，卻比各樣的菜都大，且成了樹，天上的飛鳥來宿在它的枝上。』（馬太福音十三章31、32節）。

茲將這個比喻，依照內容逐條解釋於下：

『天國好像一粒芥菜種』：主是注意到它的種子雖小，卻能成為極大的喬木這一點！如同十字架的道理，起初在猶太人為絆腳石，在外邦人為愚拙，但在信的人卻是『神的能力』（哥林多前書一章18、23節）；後來將要充滿天下，成為萬人靠著得救的真理！『有人拿去種在田裏』：這個撒芥菜種的『人』，當然是主耶穌本身。從整個比喻看，「芥菜種」不單是指主的教訓，或祂的教會；也指著祂為芥菜種，也是那撒芥菜種的人。因為種子與樹是同身，樹本來包含在種子裏，樹也是從種子成長的。如同教會與基督是同為一體一樣。本來包含在祂裏面，也是從祂發出而成長的（參考：約翰福音十二章24節）。『種在田裏』：田地指著這個世界，據原文是：『種在他田地裏』（呂振中新譯休稿），也就是路加福音裏的『自己園子』（路加福音十八章19節：呂氏新譯）。這個世界是由祂造成，祂的降生，也就是『到自己的地方來的』（約翰福音一章11節）。

芥菜種稱為『百種裏最小的』。在此，祂不過藉以形容頂小之東西的俗語來說明罷了（參考：路加福音十七章6節）。主降生在伯利恆，成長在被輕視的鄉下，三十歲出來傳道；所選召的使徒不過十二個，並且都是無學的小民；祂終被釘死在十字架上。如此，神國的開始，是微不足道的；但將要擴展而得榮耀！如同『等到長起來，卻比各樣的菜都大。』

『且成了樹』：這不是誇大的形容，生在溫暖的巴勒士坦地方的黑芥（Sinapis nigra），能成為高大的喬木。『飛鳥來宿在它的枝上』：『飛鳥』常被解釋作魔鬼（參考：創世記十五章11節；啟示錄十八章2節；路加福音八章12節）；也就是那『空中掌權者的首領』（以弗所書二章2節）。『宿在』：歷史事實告訴我們，教會雖成長興盛如芥菜種（使徒行傳六章7節；九章31節；十二章24節；十六章5節；十九章20節；二十八章31節），及至使徒教會後期，已與羅馬政府妥協，隨即真理被改變，漸成為俗化的教會，如同魔鬼投宿其中了。